O controlo operacional tem por objetivo fundamental verificar o nível de qualidade da água para consumo humano em toda a extensão do sistema de abastecimento e detetar atempadamente possíveis anomalias, ocasionais ou de carácter sistemático, de modo a permitir que sejam postas em prática medidas preventivas eficazes.

O Controlo Operacional/Vigilância é efectuado de forma sistemática em cerca de 180 pontos fixos de amostragem na Rede de Distribuição da cidade de Lisboa, 58 pontos representativos do Sistema de Adução e Transporte e 51 pontos de amostragem localizados nas origens de água (superficiais e subterrâneas).

O controlo de processo nas estações de tratamento é assegurado através da realização de colheitas de amostras de água para análise nos processos de tratamento instalados nas ETA da Asseiceira e Vale da Pedra e no recinto das captações de Alenquer, para controlo da eficiência de tratamento. É também considerado neste âmbito o controlo dos efluentes líquidos e lamas gerados nas ETA da Asseiceira e Vale da Pedra. No controlo de processo são utilizados 106 pontos de amostragem.